El lazareto contaba con su propio camposanto, donde eran enterrados los restos de quienes no conseguían superar la enfermedad tras el periodo de cuarentena. El muro que cierra la parte norte oculta una zona reducida que se empleó para sepultar a los no católicos, un cementerio protestante que tuvo poco uso. Durante los 100 años que el recinto estuvo en activo, el lazareto atendió a casi 400.000 personas, de las cuales fallecieron casi 400. La fiebre amarilla fue la causa principal de estas muertes.