La figura di Francesco che riceve le stimmate, al centro, è posta alle radici di un albero con una triplice diramazione. Sui rami di questo acanto ingigantito si collocano personaggi dei tre ordini della famiglia francescana: sant’Antonio di Padova, san Bernardino da Siena, san Ludovico vescovo di Tolosa (Primo Ordine: Frati Minori), santa Chiara (Secondo Ordine: Clarisse), sant’Elzeario di Sabran e santa Elisabetta d’Ungheria (Terz’Ordine).
In alto, la Madonna col Bambino in braccio. Nel registro inferiore, delimitato da un ricco millefiori, è riconoscibile al centro la figura di Sisto IV, donatore dell’opera, con sotto l’arma dei Della Rovere. A destra e a sinistra Niccolò IV e Alessandro V, entrambi rappresentati con le vesti pontificali; ai lati estremi san Bonaventura – non ancora canonizzato e perciò privo di nimbo – e Pietro Aureoli, ambedue con abiti da cardinale, sebbene l’Aureoli non fosse mai stato elevato alla dignità cardinalizia. Ciascun personaggio è ben riconoscibile da spiccati attributi iconografici e dalla rubricatura in gotica che ne descrive l’identità.