La raccolta, nota come “Tesoro”, è conservata nel Salone gotico del Sacro Convento e comprende dipinti, oreficerie e manufatti tessili legati alla storia della Basilica di San Francesco, la cui progettazione risale sin dal 1228. La maggior parte dei capolavori conservati giunse alla chiesa dedicata a Francesco in dono, come segno di devozione e gratitudine al Santo di Assisi.
La pregevole collezione permette di ammirare opere d’oreficeria sacra europee e orientali come croci e reliquiari, due dossali arabi di seta rossa e gialla unici per grandezza e ricamatura, arazzi fiamminghi, il paliotto di Sisto IV, il messale parigino miniato di san Luigi IX con l’evangeliario e l’epistolario, maioliche invetriate medievali, tavole istoriate datate dal XIII al XVI secolo e quattro sinopie di maestri romani e senesi del XIII e XIV secolo.
Dal 1986, il Museo del Tesoro si è arricchito di 57 tavole e un bassorilievo in marmo, donate dallo storico dell’arte, critico e collezionista statunitense Frederick Mason Perkins (1874–1955). La collezione, acquisita per lascito testamentario, comprende per lo più dipinti di Scuola toscana e veneziana del XIV e del XV secolo ed è esposta nella sala attigua a quella gotica, dedicata al donatore.
Nel 2013 al percorso museale è stato aggiunto uno stanzino musicale, nel quale si conserva una pregevolissima collezione di strumenti a fiato risalente alla seconda metà del Seicento: un flauto traverso, un flauto a becco basso, una dulciana e quattro cornetti appartenuti alla Cappella Musicale della Basilica.

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