Il restauro della Porziuncola del 1998 ha accreditato l’ipotesi che la Croce di Giunta possa essere stata realizzata dal pittore appositamente per la piccola chiesa. In origine trovava collocazione al suo interno, sopra una trave lignea orizzontale che doveva fungere da iconostasi, ed era sorretta da tergo per mezzo di una fune, in maniera analoga a come appare nella scena giottesca dell’Accertamento delle Stimmate nella Basilica Superiore di San Francesco.