Il Museo Diocesano fu creato nel 1940 dal vescovo Filippo Maria Cipriani a seguito del rinvenimento del corredo liturgico noto come “Tesoro di Canoscio” presso l’omonimo santuario. Fu allestito presso la sacrestia della Basilica Cattedrale dei Santi Florido e Amanzio e successivamente ampliato nei locali attigui nel 1991. L’attuale sede, all’interno dell’antica canonica, risale all’anno 2000: i dodici locali sono stati tutti sottoposti ad una laboriosa opera di restauro, che li ha riportati alla loro originaria fisionomia. Conserva numerose opere di oreficeria tra cui: Il Tesoro di Canoscio, collezione di 25 oggetti usati per la liturgia eucaristica ed esemplari d’Arte Paleocristiana del sec. VI, il Paliotto in argento sbalzato, cesellato e in parte dorato, prezioso esempio di arte orafa del XII secolo ed il Riccio di Pastorale in argento sbalzato, del sec. XIV, attribuito all’orafo senese Goro di Gregorio. Nel Salone Gotico-Pinacoteca sono ospitate pregevoli testimonianze pittoriche: la grande tavola ad olio raffigurante il Cristo Risorto in Gloria (1528 – 1530) di Rosso Fiorentino, la tempera su tavola con la Madonna col Bambino e San Giovannino (ca. 1486) di Pinturicchio e gli Angeli, olio su tavola, di Giulio Romano databili alla prima metà del XVI secolo. Tra i documenti d’archivio segnaliamo la Pergamena dell’Imperatore Federico Barbarossa del 1163. Le opere di scultura in pietra e in legno sono del periodo Medievale e Rinascimentale tra cui un Crocefisso di Scuola di Giuliano da Sangallo, Arte Toscana della seconda metà del sec. XV. I paramenti sacri esposti sono databili dal XIV al XIX secolo.
L’Ecclesia card è uno strumento promozionale promosso dal Museo diocesano che consente al turista di usufruire di sconti e agevolazioni in oltre venti strutture convenzionate civiche ed ecclesiastiche (MEU) dell’Umbria e della Toscana senza alcun limite temporale. La carta si può acquistare al Museo e permette la visita anche al Campanile cilindrico, all’Oratorio di San Crescentino a Morra e a Citerna alla Chiesa di San Francesco dove è conservata la Madonna di Donatello.

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