Il Museo Diocesano e Cripta di San Rufino, istituito nel 1941, nasce come espressione della Diocesi assisana, della quale esprime l’identità storica, nonché il riflesso nell’arte. Il Museo conserva le opere provenienti dalla Cattedrale e dal territorio diocesano, valorizzandone il significato religioso: l’incontro con la bellezza delle opere d’arte diviene nel nuovo contesto architettonico un’esperienza ricca di significati. Di notevole interesse: Storie della Passione (post 1348) di Puccio Capanna; stendardo processionale con S. Francesco d’Assisi in gloria (1378); Polittico di S. Rufino (1462) di Niccolò Alunno; stendardo processionale con il Martirio di S. Caterina d’Alessandria (1627) di Orazio Riminaldi; S. Francesco morente benedice Assisi (1640) di Cesare Sermei. Inoltre, completano la visita: la Collezione Perkins, composta di 33 opere di grandi artisti, quali: Duccio di Buoninsegna, Jacopo della Quercia, Niccolò di Segna, Filippo Lippi, Luca Signorelli e Justus Sustermans; il Chiostro (XI secolo) con un pozzo romano, detto Pozzo della Mensa; la Cripta di S. Rufino (XI secolo), suggestivo ambiente sotterraneo, dove san Francesco si ritirava in preghiera, quando predicava in Cattedrale, e che custodisce: il sarcofago romano (III secolo d.C.), in cui fu deposto san Rufino, primo vescovo della Diocesi ed affreschi con i Simboli degli Evangelisti (XI secolo).